พระองค์อภิเษกสมรสในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1296 กับเจ้าหญิงอิงเงอร์บอร์ก มักนุสด็อทเทอร์แห่งสวีเดน พระราชธิดาในพระเจ้ามักนุสที่ 3 แห่งสวีเดน และเป็นพระเชษฐภคินีในพระเจ้าบีร์เกอร์แห่งสวีเดน ทั้งสองพระองค์มีพระราชโอรส 8 พระองค์ ซึ่งสิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์ พระราชินีทรงแท้งพระบุตร 6 ครั้ง แม้ว่าบางแหล่งข้อมูลกล่าวว่าทรงแท้งพระบุตรในช่วงระหว่าง 8 - 14 ครั้ง การทรงพระครรภ์หลายครั้งนำมาซึ่งการแท้ง หรือมีพระประสูติกาลแต่พระบุตรสิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์[13] พระโอรสที่มีบันทึกไว้ได้แก่

• เจ้าชายวัลเดมาร์แห่งเดนมาร์ก (สิ้นพระชนม์ ค.ศ. 1302)
• เจ้าชายอีริคแห่งเดนมาร์ก
• เจ้าชายมักนุสแห่งเดนมาร์ก
• เจ้าชายไม่ปรากฏพระนาม (ประสูติและสิ้นพระชนม์ ค.ศ. 1318) ตามพงศาวดารระบุว่า สมเด็จพระราชินีอิงเงอร์บอร์กทรงยินดียิ่งนักที่พระโอรสประสูติมาแล้วมีพระชนม์ชีพ พระนางทรงนำพระโอรสออกนั่งรถเกวียนม้าเพื่อแสดงต่อหน้าสาธารณชน แต่พระนางทรงทำพระโอรสลื่นหลุดพระหัตถ์ พระโอรสจึงตกกระแทกพื้น พระศอหักสิ้นพระชนม์ ต่อมาสมเด็จพระราชินีอิงเงอร์บอร์กเสด็จเข้าไปประทับอยู่ในคอนแวนต์นักบุญแคลร์ในรอสคิลด์ พระนางสิ้นพระชนม์ในปีต่อมา

มีบางหลักฐานระบุว่ากษัตริย์อีริคที่ 6 ทรงมีพระโอรสนอกสมรส คือ อีริค สจาลันด์สฟาร์ (ราวค.ศ. 1300 - 1364) ที่โอเรบีการ์ดในเกาะเชลลันด์ ซึ่งศพของเขาถูกฝังที่มหาวิหารรอสคิลด์พร้อมมงกุฎ แต่บางหลักฐานอ้างว่านั้นเป็นพระโอรสของพระเจ้าวัลเดมาร์ที่ 4 แห่งเดนมาร์ก[14]